후각신경과 시각신경은 뇌줄기가 아닌 대뇌와 사이뇌에서 기원하므로, 단독 손상 시 뇌줄기 병변보다 두개골 바닥이나 신경 경로의 국소 병변을 먼저 고려한다.
뇌줄기의 국소 병변은 해당 높이에서 나오는 뇌신경 징후와 함께 긴 신경로 증상(운동·감각 장애, 의식 저하)을 동반한다. 예를 들어 중간뇌 병변은 눈돌림신경 마비와 반대쪽 편마비가 함께 나타날 수 있다.
속귀신경은 뇌줄기로 들어가기 전 관자뼈 바위부분의 말초 경로 손상만으로도 난청이나 어지럼이 발생할 수 있어, 뇌줄기 병변으로 오인하지 않도록 주의한다.
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