매트릭스 조직에서 구성원은 기능 부서장과 프로젝트 관리자에게 동시에 보고하므로, 명령통일의 원칙이 의도적으로 훼손된다. 두 상사의 지시가 충돌할 경우 구성원은 역할 모호성과 과중한 업무 부담을 느끼게 된다.
이를 보완하기 위해 명확한 역할 구분, 우선순위 설정 규칙, 갈등 해결 절차를 제도화해야 한다. 특히 재난관리와 같이 다조직 간 협력이 중요한 영역에서는 지휘 체계 이원화로 인한 리더십 공백과 기관 간 경쟁이 발생하지 않도록 조정 메커니즘을 사전에 설계해야 한다.
매트릭스 조직 도입 시 인사고과 권한과 업무 지시 권한이 분리되어 있음을 구성원에게 명확히 공지하지 않으면, 두 상사 간 권한 충돌이 빈번해지고 구성원의 조직 몰입도가 급격히 저하될 수 있다.
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