크론병은 입에서 항문까지 어디든 침범하며 병변 사이에 정상 부위가 남는 비연속적 양상과 전층 염증이 특징이라 누공, 농양, 협착이 잘 생긴다. 궤양성대장염은 직장에서 시작해 위쪽으로 연속적으로 퍼지고 점막과 점막하층에 국한되어 혈성 설사와 뒤무직이 두드러진다. 그래서 대장을 모두 제거하면 궤양성대장염은 완치가 가능하지만 크론병은 다른 부위에 재발한다. 두 질환의 침범 범위와 깊이가 서로 바뀐 보기가 자주 나온다.
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