보건지소는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 조례로 설치한다. 시·도지사의 승인을 따로 받아야 설치할 수 있는 구조가 아니다.
설치 단위는 읍·면이며 읍·면마다 1개씩 두되 보건소가 이미 설치된 읍·면은 대상에서 제외한다. 동을 기준으로 의무 설치하는 제도가 아니다.
필요하면 여러 보건지소를 통합하여 하나로 설치하고 운영할 수 있다. 지역의 인구 규모와 의료 접근성을 고려해 설치 형태를 정한다.
보건진료소는 농어촌 등 보건의료를 위한 특별조치법에 근거한 별개의 시설이다. 보건소와 보건지소, 보건진료소의 근거와 설치 단위를 섞지 않는다.
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