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• 작은창자: 요충, 구충, 무구조충증, 유구조충증, 광절열두조충증, 요코가와흡충증 등
• 큰창자: 편충증, 아메바이질
• 림프관: 말레이사상충증
장관 기생충은 작은창자와 큰창자 기생으로 크게 나뉜다. 작은창자에는 요충, 구충, 무구조충, 유구조충, 광절열두조충, 요코가와흡충이 기생하며, 큰창자에는 편충과 아메바이질이 기생한다.
작은창자 기생충은 소화·흡수 경쟁과 점막 손상으로 흡수장애, 빈혈, 복통, 설사를 유발하기 쉽다. 요코가와흡충은 민물고기를 중간숙주로 하며 유충이 작은창자 점막에 부착해 성충으로 자란다.
구충증은 이름 때문에 큰창자로 오인하기 쉬우나 십이지장을 포함한 작은창자에 기생한다. 편충증과 아메바이질은 큰창자 기생이므로 점액·혈액이 섞인 변에서 검체를 채취하는 것이 진단에 유리하다.
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