這個SE結構上的特性，使得帶有SE的HLA-DR分子傾向於結合經過瓜胺酸化（citrullination）修飾的自身胜肽。在關節腔等發炎微環境中，蛋白質中的精胺酸（arginine）經由胜肽基精胺酸去亞胺酶（PAD enzymes）作用轉變為瓜胺酸（citrulline）。當帶有SE的HLA-DR分子將這些瓜胺酸化胜肽有效地呈現給自體反應性T細胞時，便會打破免疫耐受，促使B細胞分化為漿細胞，大量產生抗瓜胺酸化蛋白抗體（Anti-Citrullinated Protein Antibodies, ACPAs）[2]。因此，SE不單是一個遺傳標記，更在血清陽性（seropositive，即ACPA陽性）RA的免疫病理過程中扮演上游啟動者的角色。
HLA-DR risk variants in rheumatoid arthritis: what we know and still do not know.研究論文HLA-DRB1基因的共享抗原決定位是類風濕關節炎主要遺傳風險，影響自體抗體產生。Yap CF, Viatte S. (2026) · DOI: 10.1136/rmdopen-2025-006045
[2]
Presence of autoantibodies targeting the shared epitope in rheumatoid arthritis and psoriatic arthritis.研究論文本研究探討類風濕與乾癬性關節炎中，針對共享抗原決定位的自體抗體是否存在及其意義。Graell E, Delgado JF, Domingo Gomez A, García-Marique M, Rusiñol M, Rodrigo A, Berenguer-Llergo A, Gratacos J, Calvet J. (2026) · DOI: 10.3389/fimmu.2026.1744370