빛의 파장과 주파수는 반비례하며, 조직 내 흡수 깊이와 흡수율을 결정하는 핵심 변수이다. 근적외선은 가시광선보다 투과 깊이가 깊어 심부 치료에 유리하다.
치료 목표 조직의 흡수 스펙트럼과 기기의 파장을 일치시켜야 선택적 광열작용을 기대할 수 있다. 예를 들어 혈관 치료는 헤모글로빈 흡수 피크, 색소 치료는 멜라닌 흡수 피크에 맞춘다.
주파수가 낮다고 무조건 흡수가 잘 되는 것은 아니다. 입사광의 주파수가 표적 분자의 공명 주파수와 일치할 때 흡수가 극대화되므로, 매질 특성을 함께 고려해야 한다.
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