懷孕中抗甲狀腺藥的選擇取決於各孕期的致畸性。Methimazole可通過胎盤，於第1孕期使用與胚胎病變(aplasia cutis、choanal atresia、esophageal atresia、omphalocele)相關。PTU在第1孕期致畸風險較低故優先，但嚴重肝毒性比率較高。標準作法：(1) 懷孕前或盡早改為PTU；(2) 整個第1孕期維持PTU；(3) 第2孕期開始時換回methimazole以減少其餘孕期的肝毒性暴露；(4) 使用維持free T4在正常上限附近的最低劑量以避免胎兒甲狀腺低下；(5) 放射性碘絕對禁忌、避免高劑量碘補充、甲狀腺切除僅特殊情況；(6) 母體TSH/free T4每4週監測，並考慮周期性胎兒甲狀腺超音波。停藥會造成甲狀腺風暴與流產風險。碘負載短暫抑制荷爾蒙但會脫離Wolff-Chaikoff並惡化疾病。