メトロニダゾールは、嫌気性菌感染症、細菌性腟症、トリコモナス症、クロストリディオイデス・ディフィシル感染症（CDIには現在経口バンコマイシンまたはフィダキソマイシンが優先される）、ヘリコバクター・ピロリ感染症、腹腔内・骨盤内感染症、ジアルジア症に使用される。重要な指導事項：（1）アルコールとのジスルフィラム様反応 — マウスウォッシュ、咳止めシロップ、ワイン煮などの微量でも、顔面紅潮、重度の悪心・嘔吐、頭痛、動悸、低血圧、呼吸困難、まれに致死的不整脈を起こすことがある。治療中および最終投与後少なくとも48時間（一部の情報源では72時間）はアルコールを避ける。患者と家族に徹底的に教育する。（2）よくある副作用 — 金属味、悪心、消化管不快感、口渇、暗色または赤褐色の尿（薬物代謝物による無害なものだが、他の原因がないか確認のため変化があれば報告する）。（3）中枢神経系 — めまい、頭痛、長期使用での末梢神経障害、まれに痙攣や無菌性髄膜炎。（4）薬物相互作用 — ワルファリン（INR上昇）、リチウム（中毒）、フェニトイン、ブスルファン。（5）可能であれば妊娠初期は避ける。（6）全治療過程を予定通り完了する。アルコールを飲む、ウォッカと混ぜる、尿が暗色になったからやめる、はいずれも危険である。