テトラサイクリン系薬剤（ドキシサイクリンを含む）は、胎児の歯の形成が始まる妊娠約18～20週以降では一般的に禁忌である。その影響として、乳歯および永久歯への永久的な黄褐色変色、エナメル質形成不全、可逆的な骨成長遅延が生じる可能性がある。また、特に妊娠第三期における高用量の静脈内投与では母体肝毒性との関連も指摘されている。標準的な看護対応としては、(1)投与を保留し、処方医に連絡して妊娠中に安全な抗生物質への変更を依頼する；(2)妊娠中の市中肺炎に対しては、マクロライド系（アジスロマイシン）またはβ-ラクタム系（アモキシシリン、セフロキシム、セフトリアキソン）が代替薬として挙げられ、感受性や重症度に応じて選択する；非定型病原体が疑われる場合は、ドキシサイクリンよりもアジスロマイシンが推奨される；(3)薬剤師への相談により、最新のFDA妊娠・授乳期表示規則（PLLR）情報を用いて、旧来のカテゴリー分類ではなく、すべての投薬が妊娠中の安全性の観点から見直されることが確認できる；(4)患者教育と記録を行う。CDCは、生命を脅かす特定のマダニ媒介性疾患で、代替治療が母体に深刻なリスクをもたらす場合に限り、妊娠中の短期ドキシサイクリン投与を許可するガイダンスを発表しているが、これはあくまで例外であり、標準的な対応ではない。投与、増量、エルゴタミン製剤の追加はいずれも安全ではない。