妊娠中の抗甲状腺薬選択は、三半期ごとの催奇形性リスクによって決まる。メチマゾールは胎盤を通過し、第1三半期では胎児異常（皮膚無形成、後鼻腔閉鎖、食道閉鎖、臍帯ヘルニア）と関連している。PTUは重度の肝毒性の発生率が高いものの、催奇形性リスクが低いため、第1三半期では望ましい。標準的アプローチ：(1)妊娠前または可能な限り早期、理想的には妊娠前にPTUに切り替える。(2)第1三半期中はPTUを継続する。(3)第2三半期開始時に、残りの妊娠期間での肝毒性曝露を最小限にするためメチマゾールへの再切り替えを検討する。(4)胎児の甲状腺機能低下を避けるため、遊離T4を正常上限に維持する最小用量を用いる。(5)放射性ヨウ素（絶対禁忌）と高用量ヨウ素補充を避ける。甲状腺摘出術は特別な場合に限定される。(6)母体のTSH/遊離T4を4週間ごとにモニタリングし、定期的な胎児甲状腺超音波検査を考慮する。すべての薬剤を中止すると、甲状腺クリーゼや流産のリスクがある。ヨウ素負荷は一時的にホルモンを抑制するが、Wolff-Chaikoff効果から逸脱し、病状を悪化させる可能性がある。