1. 중앙보건행정조직
① 보건복지부: 보건정책 결정기관으로서 기술적인 지도, 감독만을 담당
② 행정안전부
지방보건의료조직의 일반 행정지도 및 조직구성 담당
지역보건의료조직에 대한 인사권, 예산집행권 담당
③ 고용노동부: 산업장 안전보건관리와 근로자 건강보호, 산재근로자 보상업무 담당
④ 교육부: 학교보건업무 관장, 국립대학병원 관장
⑤ 환경부: 환경보존과 환경오염 방지 사무
2. 지방보건행정조직
① 시·도 보건행정조직: 보건정책결정기관인 보건복지부와 수행단위기관인 시·군·구의 보건소를 연결하는 중간조직
② 시·군·구 보건행정조직: 자치권을 갖는 지방자치단체로서의 업무처리, 지역보건의료사업 수행의 핵심조직인 보건소를 둠
③ 읍·면 보건행정조직: 보건지소 설치
④ 도서벽지 보건행정조직: 보건진료소 설치